高通很重视安全性，所以它创造了一个应用程序向人们展示了骁龙820的恶意软件检测能力。这个智能保护应用程序让机器学习区分和检查已知的恶意软件，代替对隐藏在设备上的恶意软件的简单核查，还可以解释为何认为应用程序包含恶意软件，以及如何确定它是危险的。当然，为手机搭载骁龙820的制造商要自己决定是否要把这个功能结合到生产的手机上。
高通附加在骁龙820上的另一个安全措施是ID超声波指纹识别技术。扫描仪使用超声波来读取手指上的毛孔验证身份，这意味着读数更准确，设备也将更安全。当手指上有灰尘或者杂质时让指纹传感器通过金属或玻璃读取指纹。不过从理论上讲，制造商可以甚至可以只把技术嵌入在屏幕里或金属背板上而不安置指纹扫描仪和按钮。
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